Научные семинары

В рамках доклада будет представлена краткая история установления органоидных культур, обсуждены технические особенности работы с органоидами и области их применения. Также на семинаре будут представлены прошлые достижения научной группы в рамках работы с органоидными культурами.

Презентация: Опухолевые органоиды

На семинаре будут рассмотрены теоретические основы ферроптоза, неапоптотичного пути гибели клетки. Также будут рассмотрены текущие результаты исследований влияния жирных кислот на определенные линии опухолевых клеток.

Презентация: Семинар 2. Ферроптоз

На семинаре выступят студенты 3 курса ФББ НИУ ВШЭ, которые представят результаты теоретической и биоинформатической работ. Планируются разбор влияния жирных кислот на mTOR, а также обсуждение результатов обработки транскриптомных данных опухолевых клеток после воздействия жирными кислотами.

Презентация: mTOR и его метаболические пути

На семинаре будет представлен разработанный код для быстрого просмотра дифференциально экспрессированных генов в определенных сигнальных путях. Для этого в программу были импортированы следующие базы данных путей: hallmark, canonical pathways, reactome, transcription factor targets и custom (пользовательская база данных). Фаткулин Артем расскажет, как каждый участник может пользоваться написанной программой и строить тепловые карты интересующих генов. Также будут рассмотрены подробнее отдельные ветки метаболических путей молекулы mTOR и механизмы его регуляции

Презентация: Семинар 4. Анализ биологических путей

На семинаре будет рассмотрен новый литературный обзор на тему ферроптоза, опубликованный в высокорейтинговом журнале. Будут обсуждены последние известные данные о механизмах ферроптоза и гены, которые играют ключевую роль в этом механизме клеточной гибели. Также будут обсуждены построенные тепловые карты экспрессии соответствующих генов.

Презентация: Семинар 5. Литературный обзор

На семинаре будут обсуждаться построенные тепловые карты экспрессии генов, ассоциированных с ферроптозом, в трех клеточных линиях: MDA-MB-231 LUC, MDA-MB-231 kdIGFBP6 и MDA-MB-231 kdELOVL5. Будут обсуждены гены, которые будут изучаться далее с помощью метода ПЦР. Будет составлен детальный план дополнительных экспериментов, которые необходимо выполнить в рамках проекта.

Презентации: 

Семинар 6. Обзор путей ферроптоза

Семинар 6. Обзор путей ферроптоза 2

На семинаре будут обсуждены подобранные для определенных генов праймеры. Гены были выбраны по результатам биоинформатического анализа, который включал в себя расчет дифференциальной экспрессии и различные методики кластеризации. Также будут обсуждены промежуточные результаты экспериментальной работы, которая выполняется Силкиной Марией и Разумовской Александрой.

Презентация: Семинар 7. Результаты IncuCyte

На семинаре будут обсуждены промежуточные результаты проведения анализа живых клеток IncuCyte, который позволяет делать количественные измерения клеток в реальном времени. Также будут обсуждены результаты подготовительной полимеразной цепной реакции в реальном времени (RT-qPCR), которой была проверена в первую очередь работоспособность подобранных и заказанных праймеров, а также сделана предварительная оценка экспрессии обсуждаемых ранее генов в клетках.

Презентация: Семинар 8. IncuCyte RT-qPCR results

На семинаре будут рассмотрены методы транскриптомного анализа клеточных линий  MDA-MB-231 LUC, MDA-MB-231 kdIGFBP6 и MDA-MB-231 kdELOVL5, а также обсуждены полученные промежуточные результаты. Анализ включает вычисление дифференциальной экспрессии генов, анализ обогащённости наборов генов (GSEA) и оценку корреляции экспрессии генов с IC50 ингибиторов ферроптоза. Представленные методы и результаты будут использованы для подготовки будущей научной статьи.

Презентация: Семинар 9. Транскриптомный анализ

На семинаре будут рассмотрены полученные промежуточные результаты анализа жизнеспособности клеток IncuCyte 4 клеточных линий: рака предстательной железы (PC-3 и Du145) и колоректального рака (Caco-2 и HT29). Было протестировано воздействие индуктора ферроптоза – эрастина и ингибитора – ферростатина-1 на модельные клеточные культуры. Также на семинаре будут рассмотрены молекуляные и биохиические отличия культур друг от друга и предпосылки различия их устойчивости к ферроптозу. 

Презентация: Семинар 10. IncuCyte prostate colon

Во время ферроптоза и митохондриальной фазы апоптоза кардиолипин, ключевой фосфолипид митохондрий, подвергается перекисному окислению. MitoCLox — это флуоресцентный зонд, предназначенный для отслеживания этого процесса непосредственно в митохондриях in vivo.

MitoCLox содержит флуорофор BDP 581/591 с диеновым мотивом (C11), который соединен с трифенилфосфонием (TPP) через гибкий линкер, содержащий две амидные связи. Его структура напоминает MitoPerOx, но отличается более длинным линкером и двумя пептидными связями, что увеличивает клеточную проницаемость и делает его специфичным для кардиолипина. Этот линкер также имитирует пептид SS-20 (Phe-D-Arg-Phe-Lys-NH2), что улучшает его селективность.

Наша группа провела этот анализ на раковых клетках MDA-MB-231 для оценки влияния DHA на состояние липидов в митохондриях, что в дальнейшем вызывает ферроптоз.

Презентация: Семинар 11. MitoCLox

На предстоящем семинаре будет обсуждаться процесс написания научной статьи. В начале встречи основной акцент будет сделан на транскрипционный анализ и его доработку. 

После этого значительная часть времени будет уделена обсуждению результатов ПЦР по временным точкам при лечении клеток молочной железы MDA-MB-231 с использованием DHA на различных генах-маркерах. Особое внимание будет уделено корректировке временных точек: какие данные следует пересмотреть и провести заново, а какие результаты можно использовать для финальной версии статьи без изменений.

Презентация: Семинар 12. Сравнение DEGs в клетках LUC и ELOVL5

На следующем семинаре будут представлены внесенные правки в статью, касающиеся транскриптомного анализа. Участники смогут ознакомиться с обновленными разделами, где были уточнены данные и интерпретации, а также рассмотрят, как эти изменения влияют на общую структуру и выводы статьи. Будет проведено детальное обсуждение корректировок и их обоснований, с акцентом на улучшение научной точности и логичности материала.

После этого будет рассмотрен план "мокрой" лабораторной работы на следующую неделю. Обсудят основные задачи, которые необходимо выполнить, экспериментальные подходы и временные рамки.

Презентация: Семинар 13. Финализирование материалов для статьи

На предстоящем семинаре будет обсужден процесс написания статьи, посвященной сравнительному анализу реакции четырех клеточных линий, представляющих два различных вида рака, на индукцию ферроптоза. Все экспериментальные работы, включая мокрую часть, завершены, и полученные данные будут представлены для дальнейшего обсуждения. Участники смогут ознакомиться с методологией исследования, результатами и их интерпретацией, а также обсудить возможные направления для дальнейших исследований и публикации. Семинар станет отличной платформой для обмена мнениями и получения конструктивной обратной связи.

Презентация: Семинар 14. 4 cell lines

На предстоящем семинаре будут представлены финальные версии двух научных статей, посвященных исследованию механизмов ферроптоза и его роли в онкологии. Первая статья рассматривает ферроптоз как перспективный метод для уничтожения опухолевых клеток, с особым акцентом на изучение времени начала клеточной гибели в линиях рака предстательной железы и колоректального рака под действием эрастина и докозагексаеновой кислоты. Во второй статье анализируются молекулярные изменения в клетках рака молочной железы, связанные с уровнем экспрессии гена ELOVL5, выявленного ранее как значимого прогностического маркера, и его ролью в индукции ферроптотической гибели клеток. Участники семинара смогут ознакомиться с внесёнными в тексты коррективами, а также обсудить процесс подготовки сопутствующих документов для публикации.

Презентация: Семинар 15. Финальные версии статей

На следующем семинаре будут рассмотрены перспективы работы с органоидными моделями, которые планируются для тестирования влияния омега-3 и омега-6 жирных кислот. В рамках проекта органоиды занимают значимое место, так как использование этой модели позволит глубже понять их роль в исследовании клеточной жизнеспособности под воздействием различных биологически активных веществ.

На встрече будет обмуждено, как применение органоидов в данной работе может создать основу для дальнейших экспериментов, направленных на изучение клеточного ответа и потенциального применения жирных кислот в медицине и биологии.

Презентация: Семинар 16. Воздействие кислот на органоидные культуры

На семинаре будет обсуждено современное состояние исследований по тестированию индукторов ферроптоза на органоидах рака молочной железы и колоректального рака, а также последние литературные данные, посвященные этой теме. Особое внимание будет уделено новым подходам к моделированию и изучению механизмов ферроптоза на уровне органоидов, что позволяет расширить возможности для разработки перспективных методов терапии.

Также участники совместно рассмотрят возможные направления и стратегии для дальнейших собственных исследований, нацеленных на углубление понимания роли ферроптоза в онкологии и создание более эффективных терапевтических решений.

Презентация: Семинар 17. Индукторы ферроптоза и органоиды

В рамках семинара, посвященного началу работ научно-исследовательской группы в новом календарном году, были обсуждены ключевые направления предстоящих исследований. 

Особое внимание было уделено ведению органоидных культур колоректального рака (CRC), анализу динамики их роста и морфологических особенностей. В ходе работы были представлены данные по культивированию CRC-оргоноидов в различных средах: полной среде, без Noggin, без R-spondin1, без Noggin & R-spondin1, без PP. Обсуждались выявленные различия в развитии органоидов в зависимости от состава среды, что имеет значение для дальнейшего изучения факторов, влияющих на рост и дифференцировку опухолевых структур. 

Презентация: Семинар 18. СRC organoids

На семинаре была рассмотрена постановка тестов IncuCyte и MTT для оценки жизнеспособности клеток колоректального рака и рака предстательной железы. В ходе экспериментов продемонстрирована чувствительность клеточных линий к различным химиотерапевтическим агентам, включая докозагексаеновую кислоту (DHA), 5-фторурацил и доцетаксел.

Особое внимание уделено изучению эффектов комбинированного воздействия DHA и доцетаксела, что позволяет оценить их потенциал в усилении терапевтического эффекта. Устойчивость к химиотерапии остается одной из главных проблем в лечении онкозаболеваний, а комбинированные подходы – это как раз тот вектор, который может дать пациентам больше шансов на успешное лечение.

Презентация: Семинар 19. IncuCyte and MTT

На семинаре была рассмотрена роль TGF-β сигнального пути в моделях рака предстательной железы и колоректального рака. Этот путь играет двойственную роль в онкогенезе: на ранних стадиях он подавляет рост опухоли, тогда как на поздних - способствует её прогрессированию и метастазированию.
Была проанализирована экспрессия ключевых генов этого пути, уделяя особое внимание его регуляции через лигазы RNF12 и ARKADIA, которые участвуют в деградации Smad-белков и могут модулировать активность сигнального каскада. Также была проведена оценка уровня экспрессии этих белков с использованием базы данных Human Protein Atlas, что позволило сопоставить экспериментальные данные с общедоступными ресурсами.

Презентация: Семинар 20. Сигнальный путь TGF-β

В рамках семинара представлен анализ транскриптомных данных нормальной ткани предстательной железы, полученных из базы GTEx. Исследование включает кластеризацию клеток с использованием алгоритма Leiden при различных разрешениях (0.5 и 1.0), идентификацию кластероспецифичных генов и аннотацию клеточных популяций на основе экспрессии известных маркеров.
Особое внимание уделено распределению экспрессии AR, KLK3, ACPP, NKX3-1 и других маркеров, а также выявлению подтипов эпителиальных и стромальных клеток. Такой подход позволяет уточнить клеточный состав ткани предстательной железы и создает основу для дальнейших сравнений с онкологическими образцами.

Презентация: Семинар 21. Анализ транскриптомных данных ткани предстательной железы