• A
  • A
  • A
  • АБB
  • АБB
  • АБB
  • А
  • А
  • А
  • А
  • А
Обычная версия сайта

Новая статья сотрудников факультета вышла в журнале Biochimica et Biophysica Acta

Выявлены проблемы в методе сверхэкспрессии генов

Образование микроРНК из генетической конструкции

Образование микроРНК из генетической конструкции
© Diana Maltseva, at el. Incautious design of shRNAs for stable overexpression of miRNAs could result in generation of undesired isomiRs, Biochimica et Biophysica Acta (BBA) — Gene Regulatory Mechanisms, Volume 1867, Issue 3, 2024

Популярный способ установить функцию гена - заставить клетку экспрессировать этот ген намного сильнее обычного. Так поступают и с генами, которые кодируют самые короткие продукты - т.н. микроРНК длиной всего 20 нуклеотидов. Для этого в ДНК клетки вводят искусственные конструкции с целевым геном. От правильного дизайна этих конструкций зависит точность результатов. Особенно это важно для микроРНК, поскольку они регулируют количество продуктов других генов.

Сотрудники Международной лаборатории микрофизиологических систем совместно с коллегами из ИБХ РАН установили, что при экспрессии конструкций, несущих гены микроРНК, образуется не один продукт, а набор форм с отличающимися на несколько нуклеотидов 5'-концами. Это связано с тем, что РНК-полимераза III  при экспрессии введенной в геном конструкции добавляет на 3'-конец 1-3 урациловых нуклеотида, так что вместо единственного транскрипта образуется набор транскриптов, различающихся по длине. После нарезания РНКазой Dicer эти транскрипты дают набор микроРНК с разными 5'-концами.  Такие "дополнительные" микроРНК узнают и регулируют совсем не те гены, которые регулирует целевая микроРНК, введенная в геном, и потому существенно искажают результаты исследования. 

Обнаружить эту гетерогенность можно только с помощью секвенирования, а чтобы избежать проблемы, необходимо разработать дополнительные требования к дизайну генетических консрукций. Результаты опубликованы в журнале Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Gene Regulatory Mechanisms. Подробнее здесь, здесь и здесь.