Новая статья сотрудников факультета вышла в журнале Biochimica et Biophysica Acta
Популярный способ установить функцию гена - заставить клетку экспрессировать этот ген намного сильнее обычного. Так поступают и с генами, которые кодируют самые короткие продукты - т.н. микроРНК длиной всего 20 нуклеотидов. Для этого в ДНК клетки вводят искусственные конструкции с целевым геном. От правильного дизайна этих конструкций зависит точность результатов. Особенно это важно для микроРНК, поскольку они регулируют количество продуктов других генов.
Сотрудники Международной лаборатории микрофизиологических систем совместно с коллегами из ИБХ РАН установили, что при экспрессии конструкций, несущих гены микроРНК, образуется не один продукт, а набор форм с отличающимися на несколько нуклеотидов 5'-концами. Это связано с тем, что РНК-полимераза III при экспрессии введенной в геном конструкции добавляет на 3'-конец 1-3 урациловых нуклеотида, так что вместо единственного транскрипта образуется набор транскриптов, различающихся по длине. После нарезания РНКазой Dicer эти транскрипты дают набор микроРНК с разными 5'-концами. Такие "дополнительные" микроРНК узнают и регулируют совсем не те гены, которые регулирует целевая микроРНК, введенная в геном, и потому существенно искажают результаты исследования.
Обнаружить эту гетерогенность можно только с помощью секвенирования, а чтобы избежать проблемы, необходимо разработать дополнительные требования к дизайну генетических консрукций. Результаты опубликованы в журнале Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Gene Regulatory Mechanisms. Подробнее здесь, здесь и здесь.