Публикация сотрудников ЛИММД включена в авторитетную базу данных валидированных эпитопов IEDB

Недавно опубликованная статья сотрудников факультета биологии и биотехнологии в журнале Peerj “HLA-A*01:01 allele diminishing in COVID-19 patients population associated with non-structural epitope abundance in CD8+ T-cell repertoire” включена в авторитетную международную базу данных Immune Epitope Database And Analysis Research (IEDB) .

 

В исследовании учёные сравнили особенности генотипов пациентов с COVID-19 первой и третьей волн пандемии. Для анализа использовали метод секвенирования следующего поколения (Next-generation sequencing, NGS) для типирования генов HLA. С его помощью можно определить, какие варианты генов (аллели) из всех возможных имеются у конкретного человека. Затем исследователи сравнивали, как часто тот или иной аллель встречается в разных группах пациентов.

 

Было обнаружено, что частота носителей аллеля HLA-A*01:01 снизилась вдвое среди пациентов третьей волны по сравнению с первой. Другие варианты генов HLA-I встречались одинаково часто в обеих группах.

 

HLA-A*01:01 в основном связывается с молекулами вируса SARS-CoV-2, кодируемыми в области его генома под названием ORF1ab. Этот участок считается консервативным, то есть он в меньшей степени  подвержен мутациям по сравнению с другими областями генома вируса. Предположительно, иммунитет носителей HLA-A*01:01 научился обнаруживать COVID-19 независимо от мутаций инфекции.

 

В базу данных были включены результаты анализа иммуногенности 15 пептидов.