Объединение данных single-cell и bulk RNA-seq помогает раскрыть гетерогенность РМП и улучшить прогнозы

14 апреля 2025 года прошел научный семинар, где были представлены результаты биоинформатического исследования

Елена Кудрявцева, студент 4 курса ОП «Клеточная и молекулярная биотехнология» представила результаты исследование внутритканевой гетерогенности рака мочевого пузыря с использованием одноклеточного (scRNA-seq) и объемного секвенирования (bulk RNA-seq). В работе выделены основные клеточные популяции, включая иммунные и стромальные компоненты, а также 12 кластеров злокачественных клеток.

Были определены три устойчивых суперкластера с разными характеристиками: стресс-индуцированный, воспалительно-гипоксический и с высоким метастатическим потенциалом. Интеграция данных позволила выявить гены, такие как S100A4, IGFBP2, KRT8 и другие, и на их основе разработать прогностическую модель выживаемости.

Модель показала высокую точность (AUC ~ 0.8) и помогает разделять пациентов по риску, что открывает новые возможности для персонализированного лечения рака мочевого пузыря.

Нуг 14 апреля (PPTX, 2.17 Мб)